首先，清洗時必須先拔下電源插頭。
微波爐內部表面、爐門的前后及爐門開口處，可使用軟布、溫水及溫和的清潔劑清洗，切勿使用金屬刷和腐蝕性清洗劑。對爐內壁的清洗，可使用衛生棉球，蘸醫用酒精或高度白酒擦洗，因為酒精揮發快，且有殺菌的作用。需要注意的是右邊云母片應細心擦干凈，因為這是微波爐的加熱口。應該取下轉盤、轉盤支架進行單獨清洗，也可使用酒精或白酒進行擦拭，配合濕布反復擦洗。若玻璃轉盤和軸環是熱的，要等到冷卻后再進行處理。
  如果微波爐上的污垢積淀太多，可以用微波爐專用容器裝好水，加熱幾分鐘，先讓蒸發的水份濕潤一下爐內的污漬，然后用濕紙擦掉，再用洗滌劑把油污或酒精完全洗凈。如若是電腦控制型的微波爐，應該避免用濕抹布擦拭薄膜開關。
  清除異味可以在一杯水中加入一兩滴醋，放在轉盤加熱一兩分鐘，即可去除微波爐中的異味。且在日常使用中加熱面包、饅頭等水分比較少的食物時，應在旁邊放半碗水，對于食物新鮮和微波爐的使用都有好處，另外酸堿性過強的食物也應盡量避免加熱。